No Eclipse, mudei a porta do JBoss para 8088 e ao inicializar o servidor o Eclipse não detectava que ele já havia inicializado e apontavo o erro "Server JBoss v4.2 at localhost was unable to start within 50 seconds. If the server requires more time, try increasing the timeout in the server editor."
Para alterar a porta do JBoss é necessário modificar o arquivo %JBOSS_HOME%/server/default/deploy/jboss-web.deployer/server.xml na linha
O Eclipse bem que podia ser mais esperto e dizer que esta configuração não representa a porta na qual o JBoss vai levantar, mas isto é algo que deve ser solicitado aos desenvolvedores do Eclipse.